Vés al contingut

Afegeix un nou comentari

Explotar dades de biodiversitat amb PHP i Drupal gràcies a la biblioteca PHP GBIF

Enviat per felip el 01/06/2021

El projecte Musa in situ, portat pel CIRAD i Bioversity, recull dades sobre les Musàcies1 arreu del món, en condicions naturals o que se n'apropen. L'objectiu principal és obtenir una imatge el més precís possible de la diversitat geogràfica de les Musàcies. Inicialment es recolzava sobre un projecte a iNaturalist, però més enllà es va obrir a altres fonts de dades, especialment el GBIF (Global Biodiversity Information Facility), que té com a objectiu posar a disposició tota la informació coneguda sobre la biodiversitat. En particular, aquestes dades són accessibles mitjançant una interfície REST.

El GBIF permet accedir a aquestes dades mitjançant una interfície web que utilitza internament aquesta interfície REST. Nogensmenys, dins el marc del treball elaborat per MGIS, era desitjable poder interrogar aquestes dades directament des d'aquesta web, idealement mitjançant una vista, per tal de poder escollir quines dades importar cap a la base de dades local, assegurar una coherència amb el que ja havia sigut importat, o el que ens prohibim d'importar.

Passa que el llenguatge R disposa d'una implementació de referència, rgbif. Aquest client constitueix una abstracció que permet interrogar la base del GBIF sense haver de ficar-se dins el detall de les sol·licituds que calgui presentar als serveis web. Va ser portat de manera més o menys exhaustiva a Python (pygbif) i Ruby (gbifrb). D'ara endavant cal comptar amb PHP GBIF, desenvolupat dins el marc d'aquest projecte. La nostra esperança és que aquest projecte lliure2 pugui ser útil a altres actors que desitgin interactuar amb aquest catàleg central de la biodiversitat mundial.

Instal·lar-ho és tan senzill com un composer require restelae/php-gbif. Aquesta biblioteca necessita la versió 7.2 de PHP o qualsevol versió superior. Trobareu a la seua pàgina d'inici totes les informacions necessàries per al seu ús, completades per una documentació generada automàticament amb Doxygen.

També vam escriure un mòdul per Drupal3 que es recolza sobre aquesta biblioteca per permetre mostrar les ocurrències del GBIF amb Views, únicament en site building, amb crides a serveis web, sense passar per la base local! Conjuntament amb Views Bulk Operations, és perfectament possible servir-se'n per tractar en local les dades del GBIF seleccionades, per exemple importar-les amb el mòdul Migrate.

A hores d'ara, el projecte permet únicament recuperar o cercar ocurrències o espècies. Estem cercant patrocinadors i contribuïdors per implementar el conjunt de l'API del GBIF, i així facilitar amb escreix l'accés a la totalitat de les dades del GBIF per tots els projectes escrits en PHP. No dubteu en contactar amb nosaltres si us interessa!


  1. La família de les Musàcies abarca particularment els gèneres Musa (plataners) i Ensete↩︎

  2. Sota llicència GPLv3. ↩︎

  3. Actualment Drupal 7, tot esperant que portin MGIS a Drupal 9. ↩︎

El contingut d'aquest camp es manté privat i no es mostrarà públicament.

Text pla

  • No es permet l'ús d'etiquetes HTML.
  • Les línies i paràgrafs es trenquen automàticament.
  • Les adreces web i de correu electrònic es transformen en enllaços automàticament.
Imatge CAPTCHA
Introduïu els caràcters que es mostren a la imatge.